Die Mark von Frankenwinheim ist ältestes vorgeschichtliches Kulturland und liegt auf der Linie, auf der die einwandernden Franken auf die vordringenden Slawen oder Wenden (winidi) stießen. Setzt man die fränkische Wohnsitzbezeichnung heim mit winidi zusammen, ergibt sich daraus der älteste belegte Namen unseres Dorfes: Winideheim.
Dieser Name findet sich bereits in einem Verzeichnis über alle dem Kloster Fulda geschenkten Güter aus dem Jahr 779.Die Siedlung wurde von den einwandernden Franken Wendenheim genannt, da sie sie schon von den Wenden besiedelt vorfanden.
Das älteste Würzburger Lehenbuch (1303) nennt das Dorf mit vielen Namen: Windeheim, Wyndheim, Winehoim, Windeheina, Windheim, Windeheim, Windeheim prope (= bei) Gerolteshoven, u. a.. Diese Bezeichnungen wurden aber fast alle auch für das Dorf Burgwindheim gebraucht. Daher wurden in einer Handschrift aus dem Jahr 1453 die beiden Orte folgendermaßen auseinander gehalten:
Das heutige Frankenwinheim wurde als Windheim inferior (= Unterwindheim) und das Dorf Burgwindheim wurde als Windheim superior (= Oberwindheim) bezeichnet. Als sich für unser Gebiet die Bezeichnung Franken durchsetzte, hat man dem unteren Windheim das Wort Franken. So wurde aus dem Dorf Unterwindheim ein Frankenwinheim.
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